宫殿参赛训练家可做的事情只能把一切胜负交给宝可梦，全程依照宝可梦本能进行的对战宫殿。训练家可以进行以下“行动”，“观战”—训练家必须在场中放置三颗存放有宝可梦的精灵球，接著挑战者在观战中在此不能下达任何指令，参赛者可观看整场比赛直到结束为止；“替换”—训练家虽然无法对宝可梦下达指令，却可进行“替换”指示，当属性居于弱势，或是宝可梦陷入异常状态时，参赛者即可透过下达“替换”指示。
宝可梦的意志决策决定其作战风格使用什么类型的招式，在对战开拓区宝可梦中心右侧附近的房间内，存在一名通晓宝可梦意志的小女孩。通过给其展示选中的宝可梦，了解宝可梦的主导意志决策，宝可梦的性格决定了其主导意志决策倾向，其主导意志决策倾向决定了其在对战宫殿中的主导作战风格倾向。意志决策主要分为三类：坚持战斗、照顾自己和避开战斗；其与宝可梦的作战风格：攻击招式、防御招式和支援招式相对应。不同性格拥有不同的主导意志决策，其主导作战风格也会因此有所不同，主导意志决策即为评语部分展示内容；除了主导意志决策外，宝可梦仍有几率做出其他的意志决策，做出该性格非主导的作战风格。小女孩的评语分为两部分，前半部分对应正常情况下宝可梦的主导意志决策倾向，后半部分对应宝可梦体力过半后的主导意志决策倾向。游戏没有那么智能，但也通过各种方式体现了很多的可能，不过现实可就要复杂太多了；不过小智的挑战还是和游戏里很不一样的，当然也有可能是游戏规则对于“主角光环”的屈服。
在休整一天后，小智开始了他的对战宫殿挑战赛，由于天气很好，双方同意将对战场地设在丛林中的露天场地。在丛林场地，宇康派出了适应丛林地形的狡猾天狗，小智也让密林宝可梦蜥蜴王打头阵，双方的力量与速度都势均力敌，但狡猾天狗的连续招式似乎让蜥蜴王有些危机。狡猾天狗首先躲开蜥蜴王的种子机关枪，它的动作跟蜥蜴王一样快，跟它在森林里互相追打，两个草属性宝可梦就来到小瀑布附近，狡猾天狗将蜥蜴王推入池中，对池使出碎岩，但蜥蜴王能够登瀑（怎么看都像潜水），从上面对狡猾天狗打了一击，击倒狡猾天狗。念力土偶做为宇康的主力宝可梦，宇康使用它对抗小智的大王燕以及蜥蜴王，但败给蜥蜴王新学的日光束，过程还算精彩而结局总是“草率”的有点过分。
宇康的身体和精神跟他的宝可梦高度契合，对宝可梦有完全信任，会大声威胁来惊吓对手，击败他的训练家能获得到精神的象征。他是一位亲切的老人，专长为草药，能够使一直使不出绝招的蜥蜴王复原；虽然他经常骑他的妙蛙花（毫无牌面的一个坐骑），但他在对战中显示他还是精力充沛的。在宇康的提议，他要把金属岛的丛林做成对战场地，对战中也特别注重自然之道，会在场地中跑来跑去（这个场地夸张了一点点）；宇康使用妙蛙花、狡猾天狗和念力土偶来对抗小智的大王燕、赫拉克罗斯和蜥蜴王，激战中，由于蜥蜴王学会了日光束，小智最后战胜了宇康，于是获得到精神的象征。比较无语的是宇康的吉利蛋使出治愈铃声来治疗蜥蜴王的外伤，外伤什么的应该不是这样子解决的，不过消除异常状态的治愈铃声应该是对蜥蜴王的“异常”很有效果（己方这个设定很重要）。
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